La durée du Cycle Préparatoire Intégré est de deux années universitaires (de mi-septembre à fin juin). Le programme de travail correspond globalement à trente-quatre semaines de 30 heures. Les contrôles des connaissances sont effectués en continu.
Le passage en deuxième année est prononcé par le Jury pour tous les étudiants remplissant les conditions suivantes :
Tous les étudiants qui auront satisfait aux exigences du contrôle continu lors de la seconde année du CPI pourront intégrer sans concours un cycle ingénieur d’une des écoles de la Fédération Gay Lussac.
Le redoublement n’est pas autorisé, sauf cas exceptionnel laissé à l’appréciation du Jury. Des formules de réorientation pourront être envisagées le cas échéant.
Un interclassement (basé sur les résultats des deux années) est établi entre les étudiants issus du Centre de Lille et ceux issus des Centres de Clermont-Ferrand, Pau, Rennes et Strasbourg. Un Jury constitué de tous les Directeurs des différentes Écoles de la FGL prononce les affectations définitives des étudiants selon leur classement final, leur choix d’école et le nombre de places offertes par chacune de ces Écoles (de 3 à 20 places selon les Écoles).
L’ENSCL réserve chaque année des places en première année du Cycle Ingénieur aux élèves issus des différents centres CPI/FGL.